Para cumplir con los objetivos de la Pastoral Educativa, la Provincia contará con los siguientes organismos:
- El Secretariado de la Pastoral Educativa
- El Secretario Provincial del Secretariado.
Pertenecen al Secretariado de la Pastoral Educativa todos los Centros Educativos de la Provincia, representados por sus directores y son los siguientes:
- Colegio San Francisco de Asís - Cusco
- Colegio San Francisco de Asís - Arequipa
- Colegio San Francisco de Asís - Mollendo
- Colegio San Francisco de Asís - Tacna
- Colegio Franciscano San Román - Juliaca
- Colegio Santa Clara de Asís - Arequipa
- Colegio Peruano Chino "Juan XXIII" - Lima
- Colegio Técnico Peruano Chino "San Francisco de Asís" - Huaycán.
- Colegio "Santa Maria de Jesus" - Comas Lima.
- Hogar San Antonio - Piura.
- I.S.P.P. Florencia Profilio de San Miguel de el Faique - Piura.
- CEPRO "San José" - Huancayo.
- CEPRO "San José Obrero" - Arequipa.